Michał Gębura urodził się 10 listopada w Starachowicach. W miejscowym Starze jako dziesięciolatek rozpoczął treningi w grupie trampkarzy pod okiem Jerzego Glibowskiego. Gębura imponował znakomitymi warunkami fizycznymi, a do tego miał nosa do zdobywania bramek. Dopiero z czasem trenerzy przesunęli go do obrony, ale również grając na tej pozycji dość często wpisywał się na listę strzelców.
W Starachowicach Gębura występował do 1982 roku i to właśnie w barwach Stara debiutował na boiskach drugoligowych. Odszedł do Błękitnych Kielc, czyli najsilniejszego wówczas klubu w regionie. Tam grał między innymi u boku Krzysztofa Klickiego, późniejszego właściciela Korony. W Błękitnych grał do 1988 roku, wtedy przeniósł się do Siarki Tarnobrzeg.
Miał już 24 lata, a wciąż występował w niższych ligach. W Tarnobrzegu zetknął się między innymi z trenerem Kolejorza, Jackiem Zielińskim. W pierwszym sezonie w Siarce wywalczył awans do II ligi. Gębura był najskuteczniejszym zawodnikiem drużyny i z 30 bramkami został królem strzelców. W jednym ze spotkań, które Siarka wygrał 5:0 wszystkie gole strzelił właśnie Gębura. Gdy w drugim sezonie w Tarnobrzegu Michał znów strzelał sporo bramek został wreszcie zauważony przez działaczy klubów pierwszoligowych.
W wieku 26 lat zawitał do Poznania. Trenerzy Lecha widzieli w nim jednak obrońcę, a nie napastnika. Miał być zastępcą Czesława Jakołcewicza i Damiana Łukasika, ale ostatecznie obaj zostali w Poznaniu i duet szkoleniowy Strugarek-Kopa miał nie lada problem. Ostatecznie znaleźli dla Poziomki miejsce na pozycji defensywnego pomocnika. Okazało się to przysłowiowym strzałem w 10.
Pierwszy sezon w barwach Kolejorza, który był również debiutanckim w Ekstraklasie Gębura miał wręcz fenomenalny. Najpierw wraz z resztą kolegów znakomicie zaprezentował się w meczach o Puchar Lata, które miały wtedy zupełnie inną formę niż w latach późniejszych. Lech zwyciężył w tych rozgrywkach, pozostawiając w pokonanym polu izraelskie Bnei Yehuda i Maccabi Hajfa oraz węgierski Siofok. Poziomka zagrał we wszystkich sześciu meczach i zdobył w nich trzy gole. Jesienią natomiast wziął udział w rozgrywkach o PEMK, w których poznaniacy najpierw wyeliminowali faworyzowany Panathinaikos, a następnie w legendarnych meczach musieli uznać wyższość Olympique Marsylia.
Jeszcze lepiej Gęburze wiodło się w rozgrywkach ligowych. Rozegrał w nich 30 meczów i zdobył aż jedenaście bramek. Dzięki tym znakomitym występom trafił do jedenastki sezonu, a także zadebiutował w reprezentacji Polski, w której rozegrał trzy mecze. Dobre występy Michała nie przełożyły się na wynik drużyny. Lech zajął szóste miejsce i działacze zdecydowali się na zmianę szkoleniowca. W kolejnym sezonie pod wodzą Henryka Apostela Lech w cuglach sięgnął po tytuł mistrzowski, ale rola w klubie Gębury była już nieco inna. Apostel nie zawsze widział Poziomkę w pierwszym składzie. Mimo to usługami piłkarza zainteresowali się przedstawiciele angielskiego Portsmouth. Kluby jednak się nie dogadały i do transferu nie doszło.
W Kolejorzu Gębura rozegrał tylko dwa pełne sezony, ale był na tyle charakterystyczną postacią, że trudno o nim zapomnieć. Latem 1992 roku po wygraniu Superpucharu Polski z Miedzią i zagraniu jednego meczu ligowego odszedł do Olimpii Poznań. W sumie z Lechem raz sięgnął po Mistrzostwo Polski i dwukrotnie tryumfował w rozgrywkach o Superpuchar. Po rocznej przygodzie z Olimpią karierę kontynuował w szwedzkiej Assyrisce. Tam zagrał jeden sezon i wrócił na Kielecczyznę, najpierw do Błękitnych, a następnie do Bucovii. Po zakończeniu kariery piłkarskiej został trenerem. Prowadził drużyny z niższych klas rozgrywkach jak na przykład Star Starachowice czy Heko Czermno. Przez jakiś czas był również II trenerem Korony, gdzie ściągnął go jego dawny przyjaciel, Krzysztof Klicki.