Marcin Lis pracuje w Lechu Poznań od 2000 roku, kiedy został włączony do sztabu Adiego Pintera. Wówczas Kolejorz spadł do II ligi, a po dwóch latach świętował powrót do ekstraklasy.
Od tego czasu Lis nieprzerwanie znajduje się w sztabie szkoleniowym poznańskiego zespołu. Był obecny przy zdobyciu trzech mistrzostw Polski (2010, 2015, 2022), dwóch Pucharów Polski (2004, 2009) oraz czterech Superpucharów naszego kraju (2004, 2009, 2015, 2016).